Hồng y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn sinh ngày 5 tháng 3 năm 1934 tại xã Hòa Thành, thành phố Cà Mau, tỉnh Cà Mau, thuộc Giáo phận Cần Thơ[4] trong một gia đình sống trong tinh thần Kitô giáo và sẵn sàng chia sẻ đức tin của mình với những người khác.[5] Năm 1939, linh mục Phanxicô Xaviê Trương Bửu Diệp khi ấy là linh mục chính xứ Tắc Sậy, đến nhà thăm nhà cha mẹ cậu bé Phạm Minh Mẫn thuộc họ đạo Cái Rắn (Cà Mau). Trong cuộc gặp gỡ này, linh mục Diệp gợi ý khi cậu bé Mẫn được lên 6 tuổi thì nên cho vào nội trú Dòng Lasan và 10 tuổi thì đưa vào Tiểu chủng viện.[6] Cũng từ sau buổi gặp gỡ giữa linh mục Diệp và gia đình Phạm Minh Mẫn, cậu bé Mẫn được chọn làm giúp lễ và nhiều lần giúp đỡ linh mục Diệp cử hành thánh lễ. Cha mẹ cậu cũng quyết định nghe theo lời khuyên của vị linh mục và thực hiện theo lời khuyên của linh mục này.[6][7]

Lên 10 tuổi (1944), Phạm Minh Mẫn được gia đình cho theo học tại Tiểu chủng viện Cù lao Giêng.[4] Chỉ một năm sau khi bước vào con đường tu học, việc học bị gián đoạn do hoàn cảnh chiến sự. Chủng sinh Mẫn trở về sinh sống cùng gia đình, nhận phụ việc rao các loại bánh Nam Bộ: bánh ít, bánh tét, bánh còng, bánh cam. Cậu phụ giúp gia đình trong vòng một năm.[7] Sau khi nhận được tin tức từ các linh mục thừa sai, mời gọi trở về Nam Vang tu học,[7] năm 1946, cậu bé Phạm Minh Mẫn tiếp tục theo học tại Tiểu chủng viện Phnôm Pênh tại Campuchia.[4] Trong thời gian này, ông không thường xuyên về thăm gia đình, do khoảng cách địa lý và do sự nguy hiểm của chiến sự.[7]

Sau tám năm học tại Campuchia, năm 1954, chủng sinh Phạm Minh Mẫn trở về Việt Nam và theo học triết học, thần học tại Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn. Sau khi hoàn thành 2 năm học triết học, năm 1956, vì hoàn cảnh gia đình khó khăn, thiếu kinh phí cho các em học trung học, Phạm Minh Mẫn quyết định tạm dừng việc học, về quê dạy học để kiếm tiền phụ chi trả chi phí học hành cho các em mình[4][6] Do có khả năng Pháp ngữ, Phạm Minh Mẫn nhận dạy kèm học sinh môn học này, và đông đảo học sinh đã theo học. Sau khi kinh tế gia đình đã ổn định hơn, Phạm Minh Mẫn tiếp tục con đường tu học vào năm 1961.[7] Song song với việc dạ kèm, chủng sinh Phạm Minh Mẫn kiêm thêm nhiệm vụ thầy giảng tại họ đạo Bạc Liêu. Sau đó trở về Sài Gòn, cậu tiếp tục theo học triết học, thần học tại Đại chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn.[4]